Comme sa Sainteté le Pape Shenouda III le cite toujours, "Saint Athanase défend également la divinité et l'humanité de notre Seigneur et Sauveur Jésus-Christ".
Saint Cyrille d'Alexandrie fonda son enseignement christologique sur la Christologie de Saint Athanase. Il présenta la Lettre de Saint Athanase à Epicteus comme la référence principale de l'enseignement christologique correct de l'Eglise, et il appela cette lettre: "la lettre de notre père béni Athanase à Epicteus"
Saint Athanase, défendant la parfaite humanité de notre Seigneur Jésus-Christ, refusa les idées fausses selon lesquelles "le corps né de Marie est co-essentiel de la Divinité de la Parole, ou que la Parole a été changée en chair, os, cheveux, et tout le corps, et sa nature a été altérée"
Il cita clairement:
"Le corps dans lequel se trouvait la Parole n'était pas co-essentiel de la Divinité, mais est vraiment né de Marie. La Parole n'a pas été changée en os et en chair, mais est venue dans la chair. Ce que Jean dit: "Et la Parole a été faite chair" (Jean 1:14) a cette signification. Par ailleurs, il est écrit dans Saint Paul: "Christ … est devenu malédiction pour nous" (Galates 3:13). Tout comme Il n'est pas devenu Lui-même malédiction, mais qu'il a été dit ainsi car il a pris sur Lui la malédiction pour nous, de même Il s'est fait chair, non en se changeant en chair, mais en assumant de vivre dans la chair pour nous, et il s'est fait homme".
Saint Athanase était clair dans son enseignement sur la chair vivante, et il supposa que la "Parole de Dieu" signifiait une humanité complète, c'est-à-dire le corps et l'âme ensemble.
Il écrivit:
"Vraiment, notre salut ne s'étend pas au corps seul, mais c'est l'homme tout entier, corps et âme indifféremment, qui a vraiment obtenu le salut par la Parole Elle-même"
Il dit aussi: "Car dire "La Parole a été faite chair" est équivalent à dire "La Parole s'est faite homme", comme dit Joël "Je répandrai mon Esprit sur toute chair" (Joël 2:28). Cette promesse ne s'est pas étendue aux animaux irrationnels mais aux hommes, pour le compte de qui le Seigneur s'est fait Homme".
Saint Athanase a aussi refusé que l'humanité de notre Seigneur Jésus-Christ existât avant l'Incarnation de la Parole par la Sainte Vierge. Il écrivit:
"Ils se condamnent eux-mêmes tous ceux qui ont cru que la chair provenant de Marie a existé avant elle, et que la Parole, antérieure à elle, avait une âme humaine, et a toujours existé en elle, même avant Sa venue".
Il est très clair que Saint Athanase n'a jamais été influencé par les enseignements d'Origène relatifs à la pré-existence des âmes.
Les enseignements de Saint Athanase contre le Nestorianisme
Bien que Nestorius vînt après Saint Athanase, ce dernier offrit un enseignement ferme contre l'hérésie nestorienne.
Il écrivit:
"… Comment des hommes qui se disent Chrétiens peuvent même douter du fait que le Seigneur, qui a pris chair de Marie, tout en étant Fils de Dieu par Essence et par Nature, est de la descendance de David en ce qui concerne la chair, et de la chair de la Vierge Marie ? Et qui peut s'aventurer à dire que le Christ, qui souffrit dans la chair et fut crucifié, n'est pas Seigneur, Sauveur, Dieu et Fils du Père ? Et comment espèrent-ils être appelés Chrétiens, ceux qui disent que la Parole est descendue sur un saint homme au même titre qu'un prophète, et qu'Il ne s'est pas Lui-même fait homme, en prenant corps de Marie. Mais Christ serait-Il une personne, alors que la Parole de Dieu qui, avant Marie et avant les âges était Fils du Père, en serait une autre ?
Et comment peuvent-ils être Chrétiens ceux qui disent que le Fils est différent de la Parole de Dieu ?. Il écrivit aussi: "La Parole de Dieu est venue dans Sa propre Personne, car Lui seul, l'image du Père, pouvait recréer l'homme à cette image"
Nestorius, en contradiction avec l'enseignement orthodoxe de Saint Athanase, enseignait ce qui suit:
"Je sépare les natures mais mon adoration est unique"
Saint Cyrille d'Alexandrie commenta ce passage en disant:
"N'ayant pas connu la signification de l'Incarnation, il distingue deux natures séparées, mettant Dieu à part, et unissant l'homme à Dieu par une relation externe, basée sur l'égalité des honneurs, ou au moins sur la force souveraine"
Saint Athanase rejetait toute séparation entre la divinité et l'humanité de notre Seigneur Jésus-Christ. Il écrivit:
"Les autres, divisant ce qui est indivisible, nient cette vérité que "La Parole a été faite chair et elle a habité parmi nous". Il écrivit aussi: "Nous n'adorons pas une créature. Loin de nous cette pensée. Une telle erreur appartient aux Ariens. Mais nous adorons le Seigneur de la Création, Incarné, la Parole de Dieu. Nous ne séparons pas le corps, de la Parole, et nous ne l'adorons pas en soi. Nous ne souhaitons pas non plus adorer la Parole séparée de la Chair. Sachant que "La Parole a été faite chair", nous Le reconnaissons aussi comme Dieu après sa venue dans la chair. Qui est si insensé pour dire au Seigneur: "Quitte le corps pour que je puisse T'adorer", ou si impie pour rejoindre les juifs insensés en disant: "Toi, qui es un homme, tu te fais Dieu" (Jean 10:33). Le lépreux n'était pas de cette sorte là, car il adora Dieu dans le Corps, et reconnut qu'Il était Dieu en disant: "Seigneur, si tu le veux, tu peux me rendre pur" (Luc 5,12).